Marie-Pierre Wattiez reçoit une première formation à la Sorbonne-Paris IV, où elle obtient une maîtrise de musicologie. Parallèlement, elle étudie le chant au Conservatoire de Paris dans la classe de Mady Mesplé, où elle obtient en 1992 un Premier Prix d’Art Lyrique. Durant cette période, elle entre à la Maitrise de Notre Dame de Paris et participe aux masterclasses de Richard Miller, Martin Isepp, Vera Rosza pour l’art lyrique, Dominique Vellard, John Elwes et Paul Esswood pour la musique ancienne. Elle chante sous la direction de chefs prestigieux comme Carlo Maria Giulini, John Elliott Gardiner, sir Georg Solti, Serge Baudo, Eliahu Inbal, Klaus-Peter Flor…
Soliste de nombreux oratorios, opéras et récitals, elle collabore également aux concerts des ensembles William Byrd (dir. Graham O’Reilly), Le Chœur de Chambre Accentus (dir. Laurence Equilbey), Le Concert Spirituel (dir. Hervé Niquet), Arsys-Bourgogne (dir. Pierre Cao), Akademia (dir. Françoise Lasserre), et Les Solistes Français (dir. Paul Rouger). Très attachée à la diversité de sa formation, elle étend son répertoire du chant grégorien à la musique contemporaine, et consacre une grande partie de son temps à l’enseignement. De 1997 à 2012, elle enseigne la technique vocale au chœur de la Sorbonne Paris IV. Après avoir enseigné la musique vocale de la Renaissance au Conservatoire National de Région de Tours de 2000 à 2003, elle donne régulièrement des masterclasses (chant grégorien, ornementation baroque, chant médiéval) aux élèves des classes de chant et de direction de chœur du Conservatoire du 17e arrt à Paris.
Sa discographie comporte une quarantaine d’enregistrements pour Naxos, Adda, Glossa, Naïve.